Genome de novo assembly
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Large genome assembly
식물, 동물, 조류 등의 진행생물의 genome 은 미생물 보다 genome size 와 반복서열의 비율이 커져서 보다 다양한 측면을 고려할 필요가 있습니다.
신규 유전체 완성을 위한 assembly 단계는
① genome size 예측하고, ② contigs 형성과 ③ scaffolding 후에 ④ pseudomolecule 을 작성하는 과정을 진행합니다.
이러한 과정은 각 생물의 genome 이 가지는 특징과 활용목적에 따라 assembly 방식이나, 완성 정도는 협의를 통해 결정하여, 최상의 결과를 얻을 수 있습니다.
Work Flow
Description
Contigs 조립 단계
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■ Short read-only assembly (Illumina platform) |
■ Long read-only assembly (Pacbio or Nanopore platform) |
■ Hybrid assembly |
Scaffold 조립 단계
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■ Hybrid scaffolding | ■ Mate pair scaffolding & gap filling |
Pseudomolecule 조립 단계
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■ Hi-C | ■ Anchoring scaffold to genetic map |
Result Examples
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■ Library별 raw read mapping을 통한 검증 (Assembly polishing) | ■ Assembly 결과 통계치 |
관련 분석 사례 (13건)
목록
# | 소속기관 | 관련분석명 |
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1 | 대학교 | 흰가루병 Fungi Pabcio 기반 유전체 염기서열 구축 (genome assemebly) |
2 | 정부출연(연) | 비수리 WGS 데이터를 이용한 draft-genome assembly |
3 | 국공립(연) | 북극식물 draft-genome 작성 및 GBS 기반 유연관계 분석 |
4 | 정부출연(연) | 선태 WGS 데이터를 이용한 draft-genome assembly |
5 | 대학교 | 섬현호색 genome assembly |
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6 | 대학교 | 갯질경 genome assembly 및 annotation |
7 | 국공립(연) | 애멸구 genome hybrid assembly |
8 | 정부출연(연) | 극지클로렐라 genome hybrid assembly |
9 | 정부출연(연) | 에뜰리아 genome hybrid assembly |
10 | 대학교 | 나노클로롭시스 genome hybrid assembly |
11 | 기업부설(연) | 인삼 Whole genome sequencing data를 이용한 draft genome 작성 |
12 | 대학교 | 억새 Whole genome sequencing data를 이용한 draft genome 작성 |
13 | 기업부설(연) | 육상식물 resequencing data을 이용한 품종 간 SSR 마커 탐색 |