Customizing Web Database 구축    NGS 정보 활용을 위한 고객의 맞춤형 웹 데이터베이스 구축        유전체 데이터를 포함한 다양한 오믹스 정보가 빠르게 축적되면서 이러한 데이터는 우리의 연구환경에서 기본이 되었습니다. 이제는 수많은 빅데…

작성일 19-03-07 16:16 조회 84

   RNA-seq 기반 유전자 발현 프로파일링   RNAseq 데이터를 이용해 원하는 대사 경로의 특정 유전자 발현 값의 패턴 분석       RNAseq 분석을 통해 표준유전체가 완료된 생물뿐만 아니라 진행 중인 생물체를 대상으로 관심 있는…

작성일 19-01-30 11:20 조회 166

    Chloroplast genome assembly 및 annotation 을 통한  유연관계분석      Chloroplast genome은 녹색식물에 존재하는 세포소기관으로 식물의 대사작용의 중심으로써 광합성과 다른 대사과정에 필요한 주요 단백질들을 …

작성일 19-01-08 18:45 조회 115

  돌연변이 계통의 Structural variations 분석   구조변이 (Structural variation)는 일반적으로 동일한 종의 개체들 사이에서 결실(deletion), 삽입(insertion), 중복(duplication), 역위(inversion) 및 전좌(translocation)를 포함한 변이를 말합니…

작성일 18-12-20 16:46 조회 98

육종지원용 웹 Database 구축  유전체 정보 실용화를 지원하는 웹 인터페이스 개발    씨더스는 유전체 정보의 소통 및 산업화를 위한 데이터베이스의 활용을 돕고자 현장(연구팀 혹은 커뮤니티)의 의견을 유기적으로 교환하여 다양한 웹 데이터베이스를 구축하여 공유하는데 노력해 왔습니다. 이러한 과정에서 습득하고 누…

작성일 18-09-07 14:00 조회 186

  GBS(Genotyping By Sequencing)    GBS  - 집단 샘플을 대상으로 대량 분자마커 탐색, 집단 유전학 분석 기술    GBS(genotyping-by sequencing)는 차세대 염기서열 분석(NGS) 방법을 기반으로 집단(96sample/1lib…

작성일 18-08-09 14:40 조회 532

RNA-seq 기반유전자 발현 프로파일링    RNAseq 데이터를 이용해 원하는 대사 경로의 특정 유전자 발현 값의 패턴 분석    RNAseq 분석을 통해 표준유전체가 완료된 생물뿐만 아니라 진행 중인 생물체를 대상으로 관심 있는 현상에 관여하는 유전자가 무엇인지, 유전자 발현 변화와 패턴을 분석…

작성일 18-07-03 11:47 조회 444

벼 집단의 GBS 분석을 통해 게놈 전체에서 균형 있게 시퀀싱 결과(reads)를 확보할 수 있음을 확인했습니다.

작성일 16-02-02 14:34 조회 986

표준유전체 유무에 따른 자생자원의 원산지 구분, 품종 구분 마커 개발 전략

작성일 17-05-12 14:40 조회 907

GBS(Genotyping-by-Sequencing)는 유전체 수준의 분석 및 SNP 발굴 목적으로 가장 보편적으로 활용되는 분석 방법으로 자리잡고 있습니다. 특별히 자원 집단, 교배 집단 같이 다수의 시료를 분석할 수 있는 강점으로 인하여 적용사례가 빠르게 증가하고 있습니다. GBS를 통해 확보된 SNP를 실험적으로 확인하는 방법 중 하나인 L…

작성일 17-04-11 11:02 조회 951

씨더스는 최근 10개월 간 누적 30여 건의 GBS 분석을 수행하며 얻은 자체 노하우로 GBS library 제작부터 생물정보분석까지 탄탄한 분석 파이프라인을 구축하였습니다.

작성일 17-03-13 15:01 조회 786

원예학적으로나 경제적으로도 매우 가치 있는 작물인 고추(Capcicum spp.)는 인간 유전체와 맞먹는 약 3GB의 크기를 지닌 도전적인 연구 분야이다. 2014년 국내 연구진에 의해 고추 유전체가 해독되어 세계적인 학술지 Nature genetics에 발표되었다. 이렇게 밝혀진 유전체 서열을 이용하여 고추의 유전체 확장(genome expansion)…

작성일 16-06-01 18:01 조회 2253

중소기업기술개발사업 우수사례 - ㈜씨더스, NGS 기반 유전체 분석 소프트웨어 개발      실제로 현대의 표준 유전체 해독 시장은 그 어떤 사업보다 빠르게 변화하고 진화하는 분야이다. 그 옛날 토마토 유전자(유전체 전체)를 분석하는 데 10개국이 모여 8년이 걸렸다면 지금은 한 기업의 연구실에서 두 달 정도면 분…

작성일 16-05-06 11:40 조회 1913

유전체 빅데이터로 농업계에 새로운 패러다임을 제시 - (주)씨더스 조성환대표   이슈메이커 김도윤 기자 issuedo@issuemaker.kr    2009년 미국에서 상용화 된 NGS는 유전체와 관련된 전 분야에 새로운 판도를 제시했다. 이에 시간·비용 절감은 물론 유전체 정보 생산이 폭발적으로…

작성일 16-03-23 15:26 조회 1554

GBS library construction workflow 1)샘플들 간의 gDNA농도 차이가 최소화 되어야함. 2)증폭된 DNA fragment가 170-350bp 내에 있어야 함. 3)Adapter dimers를 제거해야 함.

작성일 16-03-02 18:15 조회 938