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genome | Genome de novo Assembly

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작성자 최성진 작성일14-06-24 11:37 조회2,440회 댓글0건

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인간뿐만 아니라 동물, 식물, 미생물의 연구에서 표준유전체(reference genome)의 확보 및 완성을 목표로 하는 de novo assembly가 활발하게 시도되고 있습니다.
씨더스에서는 genome size가 작은 생물의 de novo assembly를 통해 축적한 기술적 노하우를 바탕으로 large genome size가 예측되는 생물의 de novo assembly 기술을 개선하여 높은 수준의 genome을 확보하기 위해, 특별히 ultra density genetic map, 근연종과의 synteny를 이용한 chromosome assembly 등을 통해 활용 범위를 넓히고자 노력하고 있습니다.
 
 
[Genome de novo Assembly 전략]
Genome de novo assembly를 위해 여러 크기의 sequencing library를 활용할 뿐만 아니라 다양한 tool 의 특징 및 장점들을 조합해 완성도 있는 assembly를 수행합니다. 이에 씨더스만의 기술적 노하우와 검증과정을 더한 전략으로 scaffolds를 작성합니다.
 
genome de novo assembly 전략
 
 
 
[Assembly 분석 사례]
씨더스는 예측된 genome size가 작은 박테리아에서 부터 large genome의 작물에 이르기까지 다양한 생물종의 genome de novo assembly에 참여하여 기술적 노하우를 축적해왔습니다.
 
assembly분석사례
 
 
 
[Assembled Scaffolds Validation]
씨더스만의 노하우가 담긴 assembly 검증과정을 통해 정확도와 신뢰도가 높은 scaffolds를 작성합니다.
 
* Libray 별 read mapping 을 통한 검증
Assembly에 사용된 sequencing library별 read를 이용하여 assembled scaffolds를 검증합니다.
read mapping을 통해 확인된 read depth는 scaffolds를 신뢰하는데 중요한 증거가 됩니다. mate pair reads의 insert size 일치성 및 read depth를 살펴 mis-scaffolding 여부를 검증합니다.
assembly scaffolds validation검증
 
 
*Synteny 비교를 통한 검증
de novo assembled scaffold를 근연종의 reference genome과 synteny(gene order)비교를 통해 검증합니다. 근연관계가 가까운 종 간에는 gene order 및 gene contents가 잘 보존되어 있습니다. Scaffolds의 gene prediction후에 reference genome sequence와의 synteny 비교 결과를 통해 chromosome assembly를 효과적으로 검증할 수 있습니다.
 
 
 
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