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Target gene

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Target gene

Target gene 데이터베이스에 있는 정보와 서열유사성 분석을 통해 목적 유전자군의 정보를 얻을 수 있습니다.
식물의 색소, 병에 대한 방어기작, 전사조절인자, 개화기 및 화기발달관련 등 식물의 특정 형질에 관여하거나  또는 특정 Metabolite 의 생합성에 관련된 경로들의 구조유전자들과 이를 조절하는 유전자군을 기반으로 Target gene 데이터베이스가 구축되었습니다.
 이를 근간으로 관심있는 유전자들의 정보를 정리하여 RNAseq 의 결과해석에서 우선적으로 확인할수 있는 후보군을 정리하고 있습니다.

Work Flow

No. Target gene
Target pathway
Related pathway No. of genes
1 Plant pigments Chlorophyll metabolic pathway    |   Carotenoids(Xanthophyll, Lycopene) metabolic pathway    |   Flavonoids metabolic pathway    |   Betalains biosynthesis 310
2 Plant transcription factors MYB    |   WRKY    |   ERF    |   bHLH    |   ETC 1,677
3 Plant terpenoids Terpenoid backbone biosynthesis    |   Monoterpenoid biosynthesis    |   Diterpenoid biosynthesis    |   Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis 110
4 Plant hormone ABA biosyntehsis, transport, signaling    |   auxin biosyntehsis, transport, signaling    |   brassinodsteroids biosyntehsis, signaling    |   cytokinins biosyntehsis, signaling    |   ethylene biosyntehsis, signaling    |   gibberellins acid biosyntehsis, signaling    |   jasmonates acid biosyntehsis, signaling    |   salicylic acid biosyntehsis, signaling, response 441
5 Fatty acids biosynthesis Cutin_synthesis_1    |   Cutin_synthesis_2    |   EU_galactolipd,_Sulfolipid    |   EU_phospholipid    |   FA_elogation_and_wax    |   FA_elongtion,_Desaturation    |   FA_synthesis    |   Lipid_trafficking    |   Mit_FA_and_Lipoic_Acid_    |   Mit_phospholipid    |   Oxylipin_metabolism_1    |   Oxylipin_metabolism_2    |   Phospholipid_signialing    |   Pro_galactolipd,_Sulfolipid_1    |   Pro_galactolipd,_Sulfolipid_2    |   sphingolipid_1    |   sphingolipid_2    |   suberin_synthesis_1    |   suberin_synthesis_2    |   TAG_biosynthesis    |   TAGandFA_degradation 1,066
6 Abiotic stress UV-B    |   HEAT    |   OSMOTIC    |   IRON    |   ALUMINIUM    |   WOUNDING    |   ABA    |   COLD    |   DROUGHT    |   LIGHT    |   NaCl    |   OXIDATIVE-STRESS    |   DEHYDRATION    |   COLD-DROUGHT-SALT 3,150
7 Biotic stress Reference Resistance Genes    |   chitinases    |   ER-folding    |   PAMP recognition receptors    |   MAPK cascade linked to PAMP defense / innate immunity    |   cell wall reinforcement    |   calcium transporters    |   cyclic nucleotide gated channels    |   ROS breakdown    |   ROS production    |   ROS transport to apoplast    |   Redox signaling    |   ROS induced genes    |   Pectin sensing    |   Response to symbiotic fungus    |   phenylpropanoid pathway    |   PR1 regulon 707
8 Photosynthesis Photosynthesis    |   Photosynthesis - antenna proteins    |   Carbon fixation in photosynthetic organisms 168
9 Flowering time Aging    |   Ambient temperature    |   Circadian Clock    |   Flower development and meristem identity    |   Flowering time integrator    |   General    |   Hormones    |   Photoperiodism, light perception and signaling    |   Sugar    |   Vernalization    |   General    |   Flower development and meristem identity    |   Gibberellins    |   Hormones    |   Circadian Clock    |   Response to cold    |   Photoperiodism, light perception and signaling 455
10 Flower development Flower development and meristem identity 60
11 Starch biosynthesis ADP glucose pyrophosphorylase    |   Starch synthase    |   Sucrose synthase    |   Fructokinase    |   UDP-sugar pyrophosphorylase    |   Invertase    |   NDP kinase    |   Hexokinase    |   Phosphoglucoisomerase    |   Phosphoglucomutase 40
12 ETC. 250

관련 분석 사례 (35건)

목록

# 소속기관 관련분석명
1정부출연(연)당귀 RNAseq의 화색 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석
2정부출연(연)사과 RNAseq의 품종의 개화 시기에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석
3대학교황금 RNAseq의 Target gene 분석
4대학교토마토 RNAseq의 감마선에 의한 돌연변이 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석
5대학교동부콩 RNAseq의 감마선/양성자 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석
6대학교배추 뿌리혹병 관련 RNAseq의 유의하게 발현하는 유전자 분석
7정부출연(연)구상나무 RNAseq의 de novo assembly 및 건조 처리 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석
8정부출연(연)구상나무 RNAseq의 de novo assembly 및 열 처리 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석
9정부출연(연)들깨 RNAseq의 mutant에서의 IK유전자 발현 분석
10국공립(연)프리지아 RNAseq의 이병성/저항성 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석
11정부출연(연)클라미도모나스 RNAseq의 색소체 변이 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석
12정부출연(연)케나프 RNAseq의 화색이 다른 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석
13대학교배추 RNAseq의 색 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석
14정부출연(연)표고버섯 RNAseq의 조직별, 품종별 유의하게 발현하는 유전자 분석
15대학교단감 RNAseq의 개화 후 시간 흐름에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석
16국공립(연)벼 RNAseq의 침관수 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석
17정부출연(연)무 RNAseq의 저온 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석
18정부출연(연)표고버섯 RNAseq의 돌연변이 유무에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석
19국공립(연)프리지아 RNAseq의 정상화/기형화 간 유의하게 발현하는 유전자 분석
20국공립(연)토마토 RNAseq의 음파 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석
21대학교토마토 RNAseq의 WT-MT 간 유의하게 발현하는 유전자 분석
22대학교고구마 RNAseq의 de novo assembly 및 품종, 처리 간 유의하게 발현하는 유전자 분석
23정부출연(연)표고버섯 RNAseq의 WT-MT 간 유의하게 발현하는 유전자 분석
24정부출연(연)무 RNAseq의 개화시기 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석
25대학교밀 RNAseq의 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석
26대학교미세조류(Dunaliella) RNAseq의 wavelength 별 유의하게 발현하는 유전자 분석
27대학교씀바귀 RNAseq의 de novo assembly 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석
28기업부설(연)미세조류 RNAseq의 de novo assembly 및 지방산 관련 유전자 분석
29대학교미세조류(Hematococcus pluvialis) RNAseq의 wavelength별 유의하게 발현하는 유전자 분석
30대학교카라가나 RNAseq의 de novo assembly 및 salt 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석
31정부출연(연)고구마 RNAseq을 이용한 target gene 분석
32대학교고구마 RNAseq의 de novo assembly 및 품종 간 유의하게 발현하는 유전자 분석
33국공립(연)배 RNAseq의 질병 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석
34국공립(연)감자 RNAseq의 안토시아닌 생합성 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석
35기업부설(연)인삼 RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석

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