RNAseq de novo assembly
RNAseq de novo assembly (illumina platform) | RNAseq de novo assembly (Pacbio platform Iso-Seq.)
RNAseq de novo assembly (Illumina platform)
RNAseq de novo assembly (Illumina platform) 분석은 표준 유전자 서열이 밝혀지지 않은 생물의 RNA 를 통해 short-read 기반의 sequencing data를 생산하고, 이를 이용해 표준 유전자 서열을 조립하는 분석입니다.
Raw read를 정렬하고 조립하여 유전자로 재구성함을 통해 표준 유전자 서열을 확보할 수 있습니다. 사용된 short-read 기반의 sequencing data를 확보된 표준 유전자 서열에 alignment하여 유전자의 발현량 분석을 진행할 수도 있습니다.
Raw read를 정렬하고 조립하여 유전자로 재구성함을 통해 표준 유전자 서열을 확보할 수 있습니다. 사용된 short-read 기반의 sequencing data를 확보된 표준 유전자 서열에 alignment하여 유전자의 발현량 분석을 진행할 수도 있습니다.
Work Flow
Result Examples
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■ Sequence 및 길이 분포 | ■ Functional annotation 결과 통계치 |
관련 분석 사례 (57건)
목록
# | 소속기관 | 관련분석명 |
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1 | 대학교 | 금영화 RNA 기반 de novo assembly 분석 |
2 | 정부출연(연) | 당귀 RNAseq의 화색 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
3 | 대학교 | 바이러스 dsRNA data를 이용한 de novo assembly 수행 |
4 | 대학교 | 시금치 RNAseq의 de novo assembly 및 곤충 가해 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
5 | 정부출연(연) | 갯장대 RNAseq의 de novo assembly 및 애기장대/갯장대의 salt stress 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
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6 | 대학교 | 클로렐라소르키니아나 RNAseq의 de novo assembly 및 이산화탄소 처리에 의해 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
7 | 정부출연(연) | 감자 RNAseq의 de novo assembly 및 재분화 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
8 | 정부출연(연) | 구상나무 RNAseq의 de novo assembly 및 건조 처리 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
9 | 정부출연(연) | 구상나무 RNAseq의 de novo assembly 및 열 처리 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
10 | 정부출연(연) | 들깨 RNAseq의 mutant에서의 IK유전자 발현 분석 |
11 | 국공립(연) | 만가닥버섯 RNAseq의 조직 내 발달단계 별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
12 | 정부출연(연) | 케나프 RNAseq의 화색이 다른 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
13 | 대학교 | 배추 RNAseq의 색 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
14 | 기업부설(연) | 갯무 RNAseq의 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
15 | 정부출연(연) | 표고버섯 RNAseq의 조직별, 품종별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
16 | 대학교 | 단감 RNAseq의 개화 후 시간 흐름에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
17 | 정부출연(연) | 애멸구 RNAseq의 발달단계 별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
18 | 정부출연(연) | 클로렐라 RNAseq의 변이체 유무에 따른 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
19 | 기업부설(연) | 차나무 RNAseq의 품종 간 SSR 마커 탐색 |
20 | 국공립(연) | 파 RNAseq data를 이용한 SNP, In/Del, SSR 변이 탐색 및 마커 탐색 |
21 | 대학교 | 참취, Insect Larva RNAseq의 de novo assembly 및 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
22 | 기업부설(연) | 매화마름 RNAseq의 품종 간 SSR 마커 탐색 |
23 | 대학교 | 표고버섯 RNAseq의 de novo assembly 및 균사체/자실체 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
24 | 대학교 | 나노클로롭시스 RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
25 | 대학교 | 뱀장어 RNAseq의 de novo assembly 및 섭취 사료 종류에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
26 | 정부출연(연) | 단감 RNAseq의 de novo assembly 및 수확 후 시기에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
27 | 대학교 | 고구마 RNAseq의 de novo assembly 및 품종, 처리 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
28 | 국공립(연) | 백합 RNAseq의 de novo assembly 및 바이러스 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
29 | 국공립(연) | 국화 RNAseq의 병저항성 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
30 | 대학교 | 미세조류(Dunaliella) RNAseq의 wavelength 별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
31 | 기업부설(연) | 조름나물 RNAseq의 품종 간 SSR 마커 탐색 |
32 | 기업부설(연) | 엄나무 RNAseq의 품종구분 SSR 마커 탐색 |
33 | 대학교 | 씀바귀 RNAseq의 de novo assembly 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
34 | 국공립(연) | 난 RNAseq 2샘플을 이용한 품종 간 SSR 마커 탐색 |
35 | 기업부설(연) | 미세조류 RNAseq의 de novo assembly 및 지방산 관련 유전자 분석 |
36 | 대학교 | 미세조류(Hematococcus pluvialis) RNAseq의 wavelength별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
37 | 대학교 | 카라가나 RNAseq의 de novo assembly 및 salt 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
38 | 정부출연(연) | 러시아민들레 RNAseq의 wound 조건에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
39 | 기업부설(연) | 키위 RNAseq의 de novo assembly 및 잎 발달 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
40 | 국공립(연) | 국화 RNAseq의 품종구분 SSR 마커 탐색 |
41 | 국공립(연) | 백합 RNAseq의 de novo assembly 및 개화시기에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
42 | 국공립(연) | 프리지아 RNAseq의 de novo assembly 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
43 | 대학교 | 고구마 RNAseq의 de novo assembly 및 품종 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
44 | 대학교 | 자주달개비 RNAseq의 de novo assembly 및 방사능 조사에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
45 | 대학교 | 팽이버섯 RNAseq의 de novo assembly 및 균사체의 배양조건에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
46 | 국공립(연) | 들깨 RNAseq의 de novo assembly 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
47 | 정부출연(연) | 참외 RNAseq의 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
48 | 정부출연(연) | 돼지감자 RNAseq의 de novo assembly 및 품종 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
49 | 대학교 | 약용작물(까마중) RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
50 | 대학교 | 약용작물(지황) RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
51 | 대학교 | 약용작물(황기) RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
52 | 대학교 | 번행초 RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
53 | 대학교 | 양배추 RNAseq의 de novo assembly 및 품종 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
54 | 대학교 | 케일 RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
55 | 정부출연(연) | 양배추 RNAseq의 de novo assembly 및 annotation |
56 | 기업부설(연) | 인삼 RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
57 | 대학교 | 엉겅퀴 RNAseq의 de novo assembly 및 annotation |