Genome-wide SNP/Indel/SSR
Resequencing data를 이용한 SNP,Indel analysis | RNA data를 이용한 SNP,Indel analysis | SSR analysis
RNA data를 이용한 SNP,Indel analysis
단일 염기 다형성 (Single Nucleotide Polymorphism; SNP)이나 Small insertion/deletion polymorphism 은 유전체에서 가장 빈번하게 발생하는 다형성으로, 유전적 다양성 및 표현형 변이에 기여하고 있습니다.
SNP와 Small In/del 등의 변이는 RNAseq 데이터를 통해서도 분석이 가능합니다. Reference가 있는 경우에는 Raw read를 Reference genome 서열에 mapping 하여 변이를 탐색하고, Reference가 없는 경우에는 Assembly를 통해 작성된 서열을 이용하여 변이를 분석할 수 있습니다.
SNP와 Small In/del 등의 변이는 RNAseq 데이터를 통해서도 분석이 가능합니다. Reference가 있는 경우에는 Raw read를 Reference genome 서열에 mapping 하여 변이를 탐색하고, Reference가 없는 경우에는 Assembly를 통해 작성된 서열을 이용하여 변이를 분석할 수 있습니다.
Work Flow
[ Genome이 있는 경우 ]
[ Genome이 없는 경우 ]
Result Examples
|
|||
■ 분석에서 탐지된 SNP(In/Del) type 통계치 | ■ SNP(In/Del) matrix 엑셀 파일 예시 |
관련 분석 사례 (13건)
목록
# | 소속기관 | 관련분석명 |
---|---|---|
1 | 대학교 | 토마토 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del 마커 탐색 |
2 | 대학교 | 빨간배추 RNA data를 이용한 색깔 형질관련 샘플 간의 SNP, In/Del 마커 탐색 |
3 | 정부출연(연) | 고구마 RNA data를 이용한 저온저장성관련 샘플 간의 SNP 마커 탐색 |
4 | 국공립(연) | 만가닥버섯 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP 마커 탐색 |
5 | 국공립(연) | 참다래 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del 마커 탐색 |
---|---|---|
6 | 정부출연(연) | 오이 RNA data를 이용한 저온/병저항성/병 처리 샘플 간의 SNP, In/Del 변이 탐색 |
7 | 기업부설(연) | 고추 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del 마커 탐색 |
8 | 국공립(연) | 복숭아 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP 마커 탐색 |
9 | 기업부설(연) | 양파 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del, SSR 마커 탐색 |
10 | 대학교 | 양배추 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, SSR 마커 탐색 |
11 | 국공립(연) | 인삼 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del, SSR 마커 탐색 |
12 | 국공립(연) | 감자 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP 변이 탐색 |
13 | 대학교 | 억새 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP 마커 탐색 |