Genome-wide SNP/Indel/SSR
Resequencing data를 이용한 SNP,Indel analysis | RNA data를 이용한 SNP,Indel analysis | SSR analysis
SSR analysis
단순 반복 염기 서열 (Simple Sequence Repeat; SSR)은 주로 식물에서 많이 사용되는 분자마커의 한 종류입니다.
유전체 내에는 2-10bp 정도의 특정 서열이 반복되는 영역이 존재하는데, 해당 영역은 종 (Species)마다 반복수의 변이가 존재합니다.
SSR 마커는 분석 대상 식물의 Genome 또는 RNA sequence를 이용하여 sequence 내에 반복되는 서열을 탐색 후, 개체 간의 SSR 변이를 분석할 수 있습니다.
유전체 내에는 2-10bp 정도의 특정 서열이 반복되는 영역이 존재하는데, 해당 영역은 종 (Species)마다 반복수의 변이가 존재합니다.
SSR 마커는 분석 대상 식물의 Genome 또는 RNA sequence를 이용하여 sequence 내에 반복되는 서열을 탐색 후, 개체 간의 SSR 변이를 분석할 수 있습니다.
Work Flow
[ Genome이 있는 경우 ]
Result Examples
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■ Size motif 별 탐지된 SSR 통계치 및 분포도 | ■ SSR 및 SSR frequency 결과 파일 예시 |
관련 분석 사례 (13건)
목록
# | 소속기관 | 관련분석명 |
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1 | 대학교 | 토마토 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del 마커 탐색 |
2 | 대학교 | 빨간배추 RNA data를 이용한 색깔 형질관련 샘플 간의 SNP, In/Del 마커 탐색 |
3 | 정부출연(연) | 고구마 RNA data를 이용한 저온저장성관련 샘플 간의 SNP 마커 탐색 |
4 | 국공립(연) | 만가닥버섯 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP 마커 탐색 |
5 | 국공립(연) | 참다래 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del 마커 탐색 |
---|---|---|
6 | 정부출연(연) | 오이 RNA data를 이용한 저온/병저항성/병 처리 샘플 간의 SNP, In/Del 변이 탐색 |
7 | 기업부설(연) | 고추 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del 마커 탐색 |
8 | 국공립(연) | 복숭아 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP 마커 탐색 |
9 | 기업부설(연) | 양파 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del, SSR 마커 탐색 |
10 | 대학교 | 양배추 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, SSR 마커 탐색 |
11 | 국공립(연) | 인삼 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP, In/Del, SSR 마커 탐색 |
12 | 국공립(연) | 감자 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP 변이 탐색 |
13 | 대학교 | 억새 RNA data를 이용한 샘플 간의 SNP 마커 탐색 |