GBS
Genome이 있는 경우에서의 GBS | Genome이 없는 경우에서의 GBS
Genome이 없는 경우에서의 GBS
GBS (Genotyping by sequencing) 기술은 Resequencing과 같은 NGS 기반의 방식이지만, 제한효소로 Genomic DNA를 절단하여 절단된 주변 서열만 부분적으로 해독하기 때문에 Resequencing에 비해 비용이 절감됩니다.
GBS를 분석하고자 하는 작물, 생물의 공개된 Reference가 없는 경우에는 Whole genome sequencing을 통한 Draft genome작성 또는 RNAseq을 통한 Transctriptome assembly 진행 후, GBS reads를 Mapping하여 SNP와 50bp미만의 Small In/Del 등의 변이를 탐지할 수 있습니다.
GBS를 분석하고자 하는 작물, 생물의 공개된 Reference가 없는 경우에는 Whole genome sequencing을 통한 Draft genome작성 또는 RNAseq을 통한 Transctriptome assembly 진행 후, GBS reads를 Mapping하여 SNP와 50bp미만의 Small In/Del 등의 변이를 탐지할 수 있습니다.
Work Flow
Result Examples
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■ 작성된 Draft genome 통계치 | ■ GBS demultiplexing 통계치 및 SNP matrix 엑셀 파일 예시 |
관련 분석 사례 (12건)
목록
# | 소속기관 | 관련분석명 |
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1 | 국공립(연) | 남생이 GBS data를 이용한 유연관계 분석 및 원산지 구별 SNP 마커 탐색 |
2 | 대학교 | 잔가시고기 GBS data를 이용한 SNP 분석 |
3 | 국공립(연) | 감 GBS data를 이용한 수꽃착생 형질 구분 마커 탐색 |
4 | 국공립(연) | 애멸구 F2 교배집단 GBS data를 이용한 유전지도 작성 및 Pseudomolecule 작성 |
5 | 국공립(연) | 애멸구 GBS data를 이용한 지역별 유연관계 분석 |
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6 | 대학교 | 석곡 GBS data를 이용한 Phylogenetic tree 작성 및 품종구별 SNP 마커 세트 개발 |
7 | 기업부설(연) | 인삼 GBS data를 이용한 유연관계 분석 |
8 | 대학교 | 억새 reciprocal 두 집단 GBS data를 이용한 유전지도 작성 및 QTL 분석 |
9 | 기업부설(연) | Colletotrichum GBS data를 이용한 품종구별 SNP 마커 탐색 |
10 | 국공립(연) | 백합 유전자원 GBS data를 이용한 품종구별 SNP 마커 탐색 |
11 | 국공립(연) | 프리지아 GBS data를 이용한 유연관계 분석 및 품종구별 SNP 마커 세트 개발 |
12 | 대학교 | 스테비아 GBS data를 이용한 Phylogenetic tree 작성 및 품종구별 SNP 마커 세트 개발 |