Genome de novo assembly
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Microbe genome assembly
Microbe-genome-assembly 를 위해 최근 PacBio 플랫폼에 의해 생산된 long-read 기반의 sequence data를 이용합니다.
저희 씨더스에서는 데이터의 정확도를 위한 Error collection을 위해 Illumina 플랫폼의 paired-end 등을 복합적으로 이용한
hybirid assembly 기술을 도입하고 Raw read등을 이용하여 검증 작업을 진행함으로 보다 정확한 genome assembly 결과를 제공합니다.
크기가 작은 bacteria 부터 microbe, fungi 에 이르기까지 다양한 생물종에 대한 genome assembly 를 직접 수행했습니다.
또한 다수의 assembly 수행의 결과 산물로 서비스가 가능한 웹 DB (genome browse) 까지 제작, 운영, 보수가 가능한 통합 웹 DB 구축이 가능합니다.
Work Flow
Description
Strategy of assembly
Result Examples
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■ Assembly 결과 통계치 | ■ J browser 를 통한 검증 |
관련 분석 사례 (4건)
목록
# | 소속기관 | 관련분석명 |
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1 | 대학교 | 나노클로롭시스 Resequencing data를 이용한 genome assembly |
2 | 국공립(연) | 곰팡이 SangerSeq. data를 이용한 de novo assembly 수행, Phylogenetic tree 작성 및 품종구별 SNP 마커 탐색 |
3 | 국공립(연) | 푸사리움 Whole genome sequencing data를 이용한 de novo assembly 수행 및 샘플 간의 Phylogenetic tree 작성 |
4 | 국공립(연) | 푸사리움 Whole genome sequencing data를 이용한 de novo assembly 수행 및 샘플 간의 In/Del, SSR 마커 탐색 |