DEG & Hierarchical Clustering
Differentially Expressed Genes (DEGs) | Hierarchical Clustering
Differentially Expressed Genes (DEGs)
RNAseq 분석을 통해 표준유전체가 완료된 생물뿐만 아니라 진행 중인 생물체를 대상으로 관심 있는 현상에 관여하는 유전자가 무엇인지, 유전자 발현 변화와 패턴을 분석합니다. 시료 준비 과정이나 시퀀싱 과정 중에 발생되는 오차를 최대한 보정하고, 염기서열의 특징에 의해 발생되는 오류 가능성을 최소화하기 위한 다양한 통계 기법을 적용하여 정확도를 높이기 위한 노력을 기울이고 있습니다.
Differentially Expressed Genes (DEGs) 분석은 유전자의 발현값을 측정하고 통계적으로 처리하여 대조군과 비교군 간에 발현이 유의한 유전자(Differentially Expressed Genes) 후보군을 선발하는 분석입니다. 특정조건이나 처리구에 따른 유전자 발현양상을 분석하게 됩니다. 확보된 유전자만 분석이 가능했던 기존의 Microarray를 대체하고 있는 추세입니다. DEG분석으로 발현되는 모든 유전자를 확보할 수 있고, 이를 통해 유전자의 sequence를 얻을 수 있습니다. 또한 Multi-gene간에도 발현량을 구분할 수 있어 NGS를 이용한 DEG분석은 계속 증가하고 있습니다.
잘 연구된 Protein DB과의 서열 유사성을 이용해 Functional annotation 분석을 할 수 있습니다.
Differentially Expressed Genes (DEGs) 분석은 유전자의 발현값을 측정하고 통계적으로 처리하여 대조군과 비교군 간에 발현이 유의한 유전자(Differentially Expressed Genes) 후보군을 선발하는 분석입니다. 특정조건이나 처리구에 따른 유전자 발현양상을 분석하게 됩니다. 확보된 유전자만 분석이 가능했던 기존의 Microarray를 대체하고 있는 추세입니다. DEG분석으로 발현되는 모든 유전자를 확보할 수 있고, 이를 통해 유전자의 sequence를 얻을 수 있습니다. 또한 Multi-gene간에도 발현량을 구분할 수 있어 NGS를 이용한 DEG분석은 계속 증가하고 있습니다.
잘 연구된 Protein DB과의 서열 유사성을 이용해 Functional annotation 분석을 할 수 있습니다.
Work Flow
Result Examples
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■ 유전자 발현값(Read counts) | ■ MA plot |
관련 분석 사례 (132건)
목록
# | 소속기관 | 관련분석명 |
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1 | 대학교 | 감귤 RNAseq 데이터를 이용한 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
2 | 기업 | 미세조류 RNA library 제작 및 sequencing |
3 | 정부출연(연) | 미선나무 RNAseq 데이터를 이용한 유의하게 발현하는 유전자분석 |
4 | 대학교 | 콩 RNAseq을 이용한 유의하게 발현하는 유전자분석 |
5 | 대학교 | 머루,새머루 RNAseq을 이용한 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
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6 | 정부출연(연) | 담배 RNAseq 데이터를 이용한 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
7 | 정부출연(연) | 동충하초 RNAseq을 이용한 유의하게 발현하는 유전자분석 |
8 | 기관 | 애기장대 RNAseq을 이용한 유의하게 발현하는 유전자군 및 AS 분석 |
9 | 기관 | 감자 RNAseq을 이용한 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
10 | 기관 | 진구절초 RNAseq을 이용한 유의하게 발현하는 유전자분석 |
11 | 대학교 | Kudoa 감염 넙치 RNAseq 기반 Clustering 분석 |
12 | 대학교 | 넙치 RNAseq 기반 Clustering 분석 |
13 | 정부출연(연) | 느타리버섯 균사 WGS 기반 유연관계분석 |
14 | 대학교 | 꿀풀 RNA 기반 de novo assembly 분석 |
15 | 대학교 | 배추 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자분석 |
16 | 정부출연(연) | 유채 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군분석 |
17 | 대학교 | 전복 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
18 | 대학교 | 참조기 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
19 | 대학교 | 고추 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군분석 |
20 | 대학교 | 금영화 RNA 기반 de novo assembly 분석 |
21 | 대학교 | 감귤 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
22 | 대학교 | 콩 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
23 | 대학교 | 잣나무 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
24 | 정부출연(연) | 꿀벌 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
25 | 대학교 | 토마토 과육 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
26 | 대학교 | 벼 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자분석 |
27 | 정부출연(연) | 나노클로롭시스 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
28 | 정부출연(연) | 콩 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자분석 |
29 | 정부출연(연) | 고구마 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자분석 |
30 | 대학교 | 동부 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자분석 |
31 | 대학교 | 클로버 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
32 | 정부출연(연) | 애기장대 종자 lncRNA 분석 |
33 | 정부출연(연) | 벼 RNAseq 기반 유의하게 발현하는 유전자군 분석 |
34 | 대학교 | 나노클로롭시스 RNAseq data를 이용한 질소처리 유무 관련 DEG 분석 |
35 | 대학교 | 나노클로롭시스 RNAseq의 WT-MT 간 질소처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
36 | 정부출연(연) | 벼 RNAseq의 이앙 전 후 지상부와 뿌리 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
37 | 정부출연(연) | 당귀 RNAseq의 화색 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
38 | 정부출연(연) | 사과 RNAseq의 품종의 개화 시기에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
39 | 정부출연(연) | 에뜰리아 RNAseq의 저온/고온 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
40 | 대학교 | 시금치 RNAseq의 de novo assembly 및 곤충 가해 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
41 | 대학교 | 고추 RNAseq의 복함감염 및 병원성 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
42 | 정부출연(연) | 갯장대 RNAseq의 de novo assembly 및 애기장대/갯장대의 salt stress 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
43 | 기업부설(연) | 감귤 RNAseq의 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
44 | 대학교 | 토마토 RNAseq의 감마선에 의한 돌연변이 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
45 | 정부출연(연) | 에뜰리아 RNAseq의 독립/종속 영양 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
46 | 대학교 | 클로렐라소르키니아나 RNAseq의 de novo assembly 및 이산화탄소 처리에 의해 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
47 | 대학교 | 동부콩 RNAseq의 감마선/양성자 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
48 | 대학교 | 시네코시스티스 RNAseq의 WT-MT 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
49 | 대학교 | 나노클로롭시스 RNAseq의 WT-MT 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
50 | 정부출연(연) | 감자 RNAseq의 de novo assembly 및 재분화 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
51 | 대학교 | 배추 뿌리혹병 관련 RNAseq의 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
52 | 정부출연(연) | 구상나무 RNAseq의 de novo assembly 및 건조 처리 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
53 | 정부출연(연) | 구상나무 RNAseq의 de novo assembly 및 열 처리 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
54 | 정부출연(연) | 포플러 RNAseq의 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
55 | 정부출연(연) | 들깨 RNAseq의 mutant에서의 IK유전자 발현 분석 |
56 | 국공립(연) | 프리지아 RNAseq의 이병성/저항성 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
57 | 정부출연(연) | 애기장대 RNAseq의 방사선 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
58 | 국공립(연) | 만가닥버섯 RNAseq의 조직 내 발달단계 별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
59 | 정부출연(연) | 클라미도모나스 RNAseq의 과산화수소 처리 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
60 | 정부출연(연) | 클라미도모나스 RNAseq의 색소체 변이 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
61 | 정부출연(연) | 클라미도모나스 RNAseq의 방사선 저항성 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
62 | 정부출연(연) | 케나프 RNAseq의 화색이 다른 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
63 | 기업부설(연) | 갯무 RNAseq의 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
64 | 대학교 | 배추 RNAseq의 색 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
65 | 정부출연(연) | 유색고약버섯 RNAseq의 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
66 | 정부출연(연) | 표고버섯 RNAseq의 조직별, 품종별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
67 | 대학교 | 단감 RNAseq의 개화 후 시간 흐름에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
68 | 정부출연(연) | 애멸구 RNAseq의 발달단계 별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
69 | 국공립(연) | 벼 RNAseq의 침관수 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
70 | 정부출연(연) | 무 RNAseq의 저온 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
71 | 정부출연(연) | 클로렐라 RNAseq의 변이체 유무에 따른 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
72 | 대학교 | 배추 RNAseq의 감염처리 유무에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
73 | 대학교 | 사상성 진균(Cryphonectria parasitica) RNAseq의 wild type과 바이러스처리 및 돌연변이 6종 발현량 분석 |
74 | 정부출연(연) | 표고버섯 RNAseq의 돌연변이 유무에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
75 | 국공립(연) | 프리지아 RNAseq의 정상화/기형화 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
76 | 국공립(연) | 토마토 RNAseq의 음파 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
77 | 대학교 | 감귤 RNAseq의 과실, 과피의 성숙단계 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
78 | 대학교 | 참취, Insect Larva RNAseq의 de novo assembly 및 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
79 | 대학교 | 콩 RNAseq의 wound stress에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
80 | 대학교 | 방울토마토 RNAseq의 바이러스 처리 유무에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
81 | 국공립(연) | 애기장대 RNAseq의 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
82 | 대학교 | 표고버섯 RNAseq의 de novo assembly 및 균사체/자실체 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
83 | 정부출연(연) | 밀 RNAseq의 종자발달 단계에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
84 | 대학교 | 금강밀 RNAseq의 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
85 | 대학교 | 나노클로롭시스 RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
86 | 대학교 | 토마토 RNAseq의 WT-MT 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
87 | 대학교 | 뱀장어 RNAseq의 de novo assembly 및 섭취 사료 종류에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
88 | 정부출연(연) | 겨울우산버섯 RNAseq의 Mg처리량 및 처리시기에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
89 | 정부출연(연) | 단감 RNAseq의 de novo assembly 및 수확 후 시기에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
90 | 대학교 | 고구마 RNAseq의 de novo assembly 및 품종, 처리 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
91 | 정부출연(연) | 표고버섯 RNAseq의 WT-MT 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
92 | 국공립(연) | 백합 RNAseq의 de novo assembly 및 바이러스 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
93 | 국공립(연) | 국화 RNAseq의 병저항성 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
94 | 정부출연(연) | 뱀장어 RNAseq의 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
95 | 정부출연(연) | 무 RNAseq의 개화시기 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
96 | 대학교 | 밀 RNAseq의 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
97 | 대학교 | 미세조류(Dunaliella) RNAseq의 wavelength 별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
98 | 대학교 | 애기장대 RNAseq의 발아 시기에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
99 | 대학교 | 씀바귀 RNAseq의 de novo assembly 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
100 | 기업부설(연) | 유채 RNAseq의 조직, 품종 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
101 | 대학교 | 유채 RNAseq의 형질전환체 및 발단단계 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
102 | 정부출연(연) | 클로렐라 RNAseq의 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
103 | 대학교 | 미세조류(Hematococcus pluvialis) RNAseq의 wavelength별 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
104 | 대학교 | 카라가나 RNAseq의 de novo assembly 및 salt 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
105 | 정부출연(연) | 감자 RNAseq의 EMS 돌연변이체에서 drought 처리에 의해 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
106 | 정부출연(연) | 러시아민들레 RNAseq의 wound 조건에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
107 | 정부출연(연) | 양배추 RNAseq의 시들음병 처리 조건에 따라 품종 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
108 | 기업부설(연) | 키위 RNAseq의 de novo assembly 및 잎 발달 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
109 | 국공립(연) | 백합 RNAseq의 de novo assembly 및 개화시기에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
110 | 국공립(연) | 프리지아 RNAseq의 de novo assembly 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
111 | 대학교 | 고구마 RNAseq의 de novo assembly 및 품종 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
112 | 대학교 | 자주달개비 RNAseq의 de novo assembly 및 방사능 조사에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
113 | 대학교 | 팽이버섯 RNAseq의 de novo assembly 및 균사체의 배양조건에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
114 | 국공립(연) | 들깨 RNAseq의 de novo assembly 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
115 | 정부출연(연) | 참외 RNAseq의 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
116 | 정부출연(연) | 오이 RNAseq의 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
117 | 국공립(연) | 배 RNAseq의 질병 처리에 따라 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
118 | 정부출연(연) | 고추 chip data를 이용한 유의하게 발현하는 유전자 및 target pathway 분석 |
119 | 정부출연(연) | 돼지감자 RNAseq의 de novo assembly 및 품종 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
120 | 대학교 | 탄저병균(Colletotrichum acutatum) RNAseq의 타(他) 균 처리에 의해 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
121 | 대학교 | Ustilago maydis RNAseq의 NaCl shock조건에서 WT-MT 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
122 | 국공립(연) | 감자 RNAseq의 안토시아닌 생합성 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
123 | 국공립(연) | 포도 RNAseq의 GA처리 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
124 | 대학교 | 약용작물(까마중) RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
125 | 대학교 | 약용작물(지황) RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
126 | 대학교 | 약용작물(황기) RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 및 조직 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
127 | 대학교 | 번행초 RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
128 | 대학교 | 양배추 RNAseq의 de novo assembly 및 품종 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
129 | 국공립(연) | 포도 chip data를 이용한 침수 관련 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
130 | 대학교 | 케일 RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
131 | 기업부설(연) | 인삼 RNAseq의 de novo assembly 및 샘플 간 유의하게 발현하는 유전자 분석 |
132 | 국공립(연) | 포도 RNAseq의 유의하게 발현하는 유전자 분석 |