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transcirptome | RNA-seq 데이터만으로 다양한 분석 결과의 통합적인 분석이 가능하다.

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작성자 최준경 작성일14-06-24 16:51 조회5,004회 댓글0건

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 NGS를 이용한 RNA-seq 분석의 효율성은 동일한 데이터에서 매우 다양한 종류의 결과를 얻을 수 있다는 점입니다. 즉, 하나의 RNA-seq 데이터로 유전자의 발현량을 비교하는 분석을 수행하거나, SNP, In/Del, alternative splicing과 같은 유전자 구조에 대한 분석도 가능하며 이러한 결과를 통합하여 해석하는 것이 용이합니다. 이는 기존의 microarray가 유전자의 발현 조사, SNP 확인, alternative splicing 확인과 같은 연구 단계에서 모두 다른 형태의 chip platform을 사용해야 하는 것에 비하면 생물학 관련 연구자에게는 매우 효율적인 분석 시스템이라고 할 수 있습니다.
 
 최근 저희 씨더스는 calcium-deficient 처리 조건에서 tip-burn resistant와 tip-burn sensitive 반응을 보이는 2개의 양배추 품종의 RNA-seq 데이터를 분석하여 유의한 발현 차이를 보이는 유전자를 찾고, 이러한 유전자와 관련된 SNP calling 결과를 PAG Asia 2014 학회에 발표했습니다. 발표된 내용을 간략히 요약하면 한국생명공학연구원의 권석윤 박사팀에서 수행한 양배추 RNA-seq 샘플의 de novo transcriptome assembly 결과인 53,562개의 유전자 loci[1]를 reference로 이용하여 tip-burn resistant와 sensitive 반응을 보이는 품종 사이에 유의한 발현의 차이를 보이는 116개의 DEGs와, calcium 처리간 차이를 보이는 138개의 DEGs를 추출하고 이러한 유전자들의 SNPs를 조사했습니다. 이러한 조사를 통하여 calcium transport channel 관련 유전자와 anti-porter 관련 유전자들이 특히 많은 차이를 보이고 있음을 확인했으며, 각 품종간에 많은 수의 SNPs가 존재함을 밝혀 낼 수 있었습니다. 특히 transport channel에 포함된 CNGC2 유전자와 anti-porter의 역할을 하는 CAX1 유전자의 경우 발현의 형태가 표현형과 일치하는 결과를 얻을 수 있었으며, CNGC2 유전자의 경우 tip-burn resistant와 tip-burn sensitive 사이에 존재하는 4개의 SNPs를 규명했습니다. 이러한 발현의 차이가 존재하는 유전자의 SNPs는 두 품종 사이에서 calcium 수송 과정에 어떠한 차이를 나타내는지 규명할 수 있는 marker로 활용할 수 있을 것으로 예측됩니다.
 
 이렇듯 RNA-seq를 이용한 분석은 동일한 데이터를 이용하여 다양한 결과를 획득할 수 있으며, 이러한 결과의 통합적인 해석이 용이합니다. 이는 연구자 분들이 관련 연구를 수행함에 있어서, 실제 생명 현상을 보다 정확하게 이해하고 올바른 방향으로 해석할 수 있도록 해줍니다. 저희 씨더스는 RNA-seq를 분석하기 위한 통합된 파이프라인과 종합적인 해석라인을 보유하고 있으며, 이를 이용하여 의뢰하신 데이터에 대한 종합적인 해석 서비스를 지원해 드리고 있습니다.
 
References
  1. Kim HA, Lim CJ, Kim S, Choe JK, Jo S-H, et al. (2014) High-Throughput Sequencing and De Novo Assembly of Brassica oleracea var. Capitata L. for Transcriptome Analysis. PLoS ONE 9(3): e92087. doi:10.1371/journal.pone.0092087 (VIEW)
 
Poster: Molecular marker development for tip-burn resistant cabbage by RNA-seq.

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