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software | 나도 해보자, 바이오 인포메틱스! NGS 분석 소프트웨어 SPADE

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작성자 김지은 작성일14-06-23 15:27 조회3,599회 댓글0건

본문

 
 
 
SEEDERS의 기술적 노하우를 접목한 다양한 분석 프로그램을 탑재한 소프트웨어를 개발하였습니다!
리눅스 서버 뿐만 아니라 Cloud 서버 시스템과의 연동이 가능해
저렴한 비용으로 연구자분께서 직접 분석을 할 수 있는 소프트웨어 입니다.
 
씨더스의 기술적 노하우를 접목한 4가지 분석 파이프라인에 분석과정의 단순화, 독립화, 시각화를 시도하였습니다.
4가지 분석 프로그램의 통합 / 분리 또한 가능합니다!
 
 
(1) Genome-wide SNP analysis Tool
 
· 특정 품종 구분용 분자마커 개발
· MAB, MAS용 분자마커 개발
· 농업적 중요형질 및 목적형질 식별용 분자마커 개발 (예) 색, 병 저항성, 과실발달 관련 등
 
 
 
(2) Transcriptome analysis Tool
 
· de novo assembly를 통한 고품질 표준 유전자 세트 작성
· 처리구 샘플 간 비교에 따른 유전자 발현 양상 측정
· 최적의 분석 조건 탑재 및 체계화된 분석 시스템 구축
· 논문에 사용할 수 있는 다양한 Figure, Table 작성
 
 
 
(3) Genome de novo assembly Tool
 
· 다양한 sequencing library를 활용한 assembly 수행
· 유전지도, 근연종과의 synteny 결과 생성 및 접목
· Assembly tool 들의 상이한 결과물을 최대한 활용하여 Large genome 까지 완성도 높은 assembly 가능
 
 
 
(4) Alternative Splicing analysis Tool
 
· 표준유전체 유무에 상관없이 RNA-seq read mapping
· Exon-intron junction 구분의 정확도 개선
· 10가지 AS pattern 예측
· 샘플 간 (품종, 조직) 발현 양상과 AS 패턴 및 영역 비교
 
 
 
<SPADE의 장점 및 기능>
 
*All-in-One package for NGS analysis
*Biologist-friendly GUI software
*Improving Accuracy by technical Know-how in Bioinformatics
 
 
+++
 

식물분야에서 전문화/차별화된 분석 및 고객 서비스로 다가가는 씨더스가 되도록 최선을 다해 노력하고 있습니다.

 

전화, e-mail, 홈페이지 문의 등 언제든지 열려있습니다.

 

궁금하신 사항이 있으시면 언제든지 연락주세요:-)

(상담, 컨설팅 가능)

 

 

조환 부장 / 기획영업부

chowhan@seeders.co.kr

(기업 대표전화) 042-710-4035

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