Blog

씨더스 블로그 자료를 공유합니다.

씨더스 블로그

Analysis method of SNP

페이지 정보

작성자 최성진 작성일14-05-15 16:30 조회2,585회 댓글0건

본문

 
 
 
 
 
분석을 통해 나온 SNP들을 어떤 방법으로,
어떤 기준으로 분류를 하는지 알아보도록 하자
 
 
슬라이드9.JPG
 
확인된 SNP는 크게 4가지의 분류를 할 수 있다.
 
첫번째, Homozygous SNP와 Heterozygous SNP로 나눈다.
맨위의 SNPs detection of samples라고 되어 있는 것을 보면,
SNP가 유전자 양쪽모두 G, 혹은 A로 SNP가 동일하게 발견 되는 경우가 Homozygous SNP이고
둘이 다를때 혹은 하나에만 SNP가 발생했을때를 말한다.
 
 
두번째는 intergenic에 존재하는 SNP와 genic 지역에 존재하는 SNP로 나눈다.
 
 
 
 
 
슬라이드10.JPG
세번째, Polymorphic SNP와 non-polymorphic SNP다.
 
control이 아닌 sample과의 비교로 SNP가 A sample과 B sample에서 같게 일어난 경우 non-polymorphic SNP
다르게 일어난 경우 polymorphic SNP다.
 
reference genome과의 차이가 아닌 sample의 차이에 염두를 둔 분류다.
 
 
 
 
 
 
슬라이드11.JPG
마지막 네번째는, Synonymous SNP와 Non-Synonymous SNP로 나누는 방법이다.
 
슬라이드에서 처럼 control에 비해 A sample과 B sample이 모두 T에서 G, C로 SNP가 확인되었다.
control은 A sample의 경우 TGT 서열이 묶여 Cysteine이 되고,
이는 B sample의 경우도 마찬가지다 (TGC도 Cysteine이다)
 
하지만, A sample의 경우에는 G로 SNP가 일어나면서 TGG, Tryptophan으로 아미노산이 다른 것이 만들어진다.
이런 A sample의 SNP가 Non-synonymous SNP 이다.
 
 
 
어떤 SNP가 더 중요하고, 중요하지 않고를 논하기 보다.
각자의 실험에 맞는, 니즈에 맞춘 선별, 선정이 필요하겠다.
 
 
 
 
 

댓글목록

등록된 댓글이 없습니다.