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webBLAST 사용법

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작성자 최성진 작성일14-05-13 10:21 조회3,261회 댓글0건

본문

webBLAST 사용법

SEEDERS

 

사용법

 

11.png
 

그림 1. BLAST main 페이지

 

알려드린 주소로 로그인을 하시고 접속하시면 일반적으로 그림과 같은 화면이 나타납니다. BLAST를 이용하는 방법은 그림의 번호 순으로 하시면 됩니다.

가)   Alignment에서 DB를 먼저 선택하세요. Transcript CDS nucleotide 서열로 구성되어 있고, protein amino acid 서열로 구성되어 있습니다. 또한 assembly해서 드린 결과는 nucleotide 서열입니다.

나)   DB의 종류에 따라 검색 프로그램을 선택하시면 됩니다. 에서 입력하는 query 서열과 에서 선택하신 DB의 서열 종류에 따라서 프로그램을 선택하시면 됩니다.

 

1. BLAST 프로그램별 입력 서열과 DB 서열의 종류.

프로그램

입력 서열

DB 서열

결과 서열

BLASTN

Nucleotide

Nucleotide

Nucleotide

BLASTP

Protein

Protein

Protein

BLASTX

Nucleotide

Protein

Protein

TBLASTN

Protein

Nucleotide

Protein

TBLASTP

Nucleotide

Nucleotide

Protein

 

 

다)   검색하시고자 하는 서열을 의 빈 공간에 입력하신 후에 를 눌러서 alignment를 수행 하시면 됩니다.

 

 

 

 

 

결과 페이지

 

 

입력된 서열과 DB 서열의 align을 수행하여 결과를 표시합니다. 위의 각 번호에 대해 설명을 다음과 같습니다.

22.png

 

     입력 서열의 이름입니다. 입력하실 때 여러 개의 서열을 넣으셨다면, 현재 결과의 끝부분인 아래쪽에 다음 서열이 나타납니다.

     입력 서열의 총 길이를 막대와 숫자로 표시하고 alignment가 수행된 DB 서열의 유사도를 색깔로 표시한 선이 아래쪽에 나타나는 그래프입니다. 색깔에 따른 유사도의 정도는 상단에 color key로 표시되어 있습니다.

     입력서열과 alignDB 서열의 이름을 한 줄로 표시하여 나타냅니다. Arabidopsis의 경우, TAIR 홈페이지와 연결되어 있으니 클릭하셔서 링크를 통하여 TAIR 홈페이지에서 제공하는 gene의 정보를 확인하실 수 있습니다.

     입력 서열과 DB 서열의 alignment된 모양을 표시하고 있습니다. Query는 입력 서열을 SubjectDB 서열을 뜻합니다.

 

 

참고

     BLAST QuickStart (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1734/)

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