Genome annotation
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Microbe genome annotation
Microbe genome annotation은 미생물 유전체에서 유전자의 구조적 정보를 예측하는 Gene modeling과 유전자의 기능을 규명하는 Functional annotation을 포함합니다. Gene modeling 방법은 크게 두 가지로 나눌 수 있는데 Ab intio 방법과 Homology-based 방법입니다.
Ab initio 방법은 Augustus, Fgenesh 등의 프로그램을 통해 수학적 알고리즘으로 유전자 모델을 트레이닝하고, 해당 결과로 유전자의 Exon과 Intron 영역 및 위치를 예측하는 방법입니다.
또한 Homology-based 방법은 BLAT과 같은 Tool을 이용해 유전체에 어셈블리 서열을 Alignment 하여 일정 기준 이상의 Homology를 갖는 위치를 예측하고, Align된 위치를 유전자의 유전체 내 위치로 예측하는 방법입니다. 이 두 방법의 결과를 잘 결합하여 사용한다면 정제된 유전체의 Annotation 정보를 얻을 수 있습니다.
또한 잘 연구된 Protein DB과의 서열 유사성을 이용해 Functional annotation 분석을 할 수 있습니다.
Ab initio 방법은 Augustus, Fgenesh 등의 프로그램을 통해 수학적 알고리즘으로 유전자 모델을 트레이닝하고, 해당 결과로 유전자의 Exon과 Intron 영역 및 위치를 예측하는 방법입니다.
또한 Homology-based 방법은 BLAT과 같은 Tool을 이용해 유전체에 어셈블리 서열을 Alignment 하여 일정 기준 이상의 Homology를 갖는 위치를 예측하고, Align된 위치를 유전자의 유전체 내 위치로 예측하는 방법입니다. 이 두 방법의 결과를 잘 결합하여 사용한다면 정제된 유전체의 Annotation 정보를 얻을 수 있습니다.
또한 잘 연구된 Protein DB과의 서열 유사성을 이용해 Functional annotation 분석을 할 수 있습니다.
Work Flow
관련 분석 사례 (2건)
목록
# | 소속기관 | 관련분석명 |
---|---|---|
1 | 대학교 | 남세균 12종 de novo genome assembly 및 genome annotation |
2 | 대학교 | 곰팡이 genome 서열을 이용한 gene prediction |